После окончания Саратовского военно-медицинского института проходил военную службу на должностях от ординатора операционно-перевязочного взвода медицинской роты до начальника медицинской службы мотострелкового полка Приволжско-Уральского военного округа.

По окончании факультета руководящего медицинского состава Военно-медицинской академии имени С.М.Кирова проходил службу в должностях от начальника медицинской службы дивизии Дальневосточного военного округа до начальника отделения лечебно-профилактического отдела медицинской службы округа.

С 2012 года продолжил службу в Главном военно-медицинском управлении Министерства обороны Российской Федерации.

В 2016 году назначен на должность заместителя начальника филиала Военно-медицинской академии имени С.М.Кирова.

Награждён знаком отличия «За безупречную службу».

6 июня 2020 г. на Федеральном военном мемориальном кладбище состоялась церемония захоронения полковника Афонькина Сергея Викторовича.